JCI Estoniat juhib ja esindab juhatus, kuhu võib kuuluda 6-10 liiget. Praegu on Koja juhatus 8-liikmeline. Koja Presidendil on õigus esindada Koda õigustoimingutes ainuisikuliselt, teistel juhatuse liikmetel on õigus esindada Koda ainult koos Presidendiga.
Koja juhatuse valitavad liikmed valitakse Esimesel Korralisel Üldkoosolekul, mis toimub igal aastal septembri kolmandal nädalavahetusel. Juhatuse liikmete ametid on President (NP), Täidesaatev Asepresident (EVP), kolm Asepresidenti (VP). Lisaks on juhatuse liikmed Peasekretär (GenSec), Varahoidja (Treas) ning Eelmise Aasta President (IPP). Peasekretäri ja Varahoidja nimetab ametisse President ning nende kandidatuur kinnitatakse nimetamisele järgneval Üldkoosolekul.
Juhatus astub ametisse valimisele järgneva aasta 01. jaanuarist.
Lisaks kuuluvad JCI Estonia juhatuse laiendatud koosseisu programmi-direktorid, kelle kutsub ametisse president või vastava valdkonna asepresident. Programmi-direktorid vastutavad erinevate tegevusvaldkondade konkreetsete projektide läbiviimise eest.
Lähtudes JCI tegevusprintsiipidest saab kõikidel valitavatel ja nimetatavatel ametikohtadel üks inimene olla ühe aasta. Selline kord annab võimaluse paljudele liikmetele tegutseda aktiivselt nii rahvuskoja, kui ka kohaliku koja tasandil.
Juhatuse liikmed 2010
HANNO JARVET
President (NP)
hannojarvet(ät)gmail.com
ANNELI OHVRIL
Täidesaatev asepresident (EVP)
anneli(ät)firstbuddy.ee
SIIM LEPISK
Asepresident (VP Individual)
siim.jci(ät)gmail.com
JAANUS TAMM
Asepresident (VP Business & Community)
jaanus.tamm(ät)gmail.com
PIRET SEPP
Asepresident (VP International)
piret.sepp(ät)eclex.ee
MERIKE OJA
Peasekretär (GenSec)
jci(ät)jci.ee
AIRE LAANMETS
Varahoidja (Treas)
laanmets.aire(ät)gmail.com
LIINA JOLLER
Eelmise aasta president (IPP)
liina.joller(ät)gmail.com